James Gordon在哥谭市的郊区长大，对这座迷人的、让人兴奋的大都市充满浪漫的幻想。他已故的父亲曾是城中有名的地区检察官，而他自己也光荣地成为哥谭市警察局的一名侦探。他刚刚走上新的工作岗位两个星期，与医生Barbara Kean订了婚，并发誓要让这座城市变回自己童年记忆中的那个样子。《蝙蝠侠》中的角色会在这个故事中亮相吗？这也成了该剧的看点之一6080

　夜幕低垂，麦克斯（杰米·福克斯 Jamie Foxx 饰）接了一位注定要改变他人生的客人――文森特（汤姆·克鲁斯 Tom Cruise 饰）。　　文森特受雇于一家跨国贩毒集团，这晚来到洛杉矶要干掉五名重要证人。他与我们经常看到的杀手大不一样，他天生喜欢唠叨，在他挟持 麦克斯去帮他完成杀人工作时，还振振有词――“我又不是卢旺达大屠杀，我杀人本来就不是好人，可以说是替天行道，你有什么可以指责我的？”麦克斯也一时语塞。
　　这晚要杀的最后一个人是助理检查官，她曾是麦克斯的顾客。麦克斯决心保护她

上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。　　此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。

　第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。　　此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。
　　在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗