绰号“Laughing哥”的警员梁笑棠（谢天华 饰）成功完成卧底任务，并在CIB得到重任。但总管Harry（刘松仁 饰）和上司Jodie（陈法拉 饰），对他的操纵者之死有怀疑，在调查中发现其中另有隐情。在CIB招新后，Laughing和Jodie因训练理念不同，成 为一对欢喜冤家，互有胜负，各不相让。Harry在照顾患癌症的妻子之外，又要面对因他坐牢二十年刚出狱的前女友袁君岚，好在儿子Aidon舞技出众，又乐于助人，让他心安。为了对抗义兴，Laughing培植跛CoMichael（黄宗泽 饰）为线人，后者逐渐在帮派头马辣姜与威利争斗中获得重用，并脱离了Laughing的掌控，与昔日律师女友姚可可（徐子珊 饰）爱火重燃，并努力上位。随着帮派坐馆莫一烈的回归，一场警匪卧底之争、黑白人性缠斗愈演愈烈…

黄文展“狗头”（任达华 饰）和何家宝“猪女”（徐子珊 饰）是香港CIB（Criminal Intelligence Bureau）的职员。CIB俗称香港警察中的狗仔队，里面人人行动低调样貌平凡，但却对罪犯有极其灵敏的嗅觉。　　狗头和猪女这次的任务是追踪珠宝劫案的疑犯陈重山（梁家辉 饰）。陈重山是个犯案“天才”，对躲避警察追捕有丰富经验和巧妙手段。这次CIB行动，比平时都更为艰巨。尽管已经警方十面埋伏，狗头和猪女都使出浑身解数，陈重山还是屡屡逃脱。一路的跟踪就好像猫捉老鼠，没完没了。陈重山似乎有神奇的力量，闻到警察追到身边的气味。眼看有警员在追踪过程中殉职，狗头和猪女心急如焚

法政先锋们的故事还在继续，这次的主角是法证部的高级化验师布国栋（黎耀祥 饰）。号称“人肉百科全书”的国栋知识渊博，且一直不断学习，他与法医科高级医生钟学心（张可颐 饰）既是事业上的伙伴，又是生活中的好友，共同研究工作上的疑难杂事，又互相倾诉生活中的困扰。学心的好友凌倩儿（徐子珊 饰）任职于西龙九重案组，作为高级督察的她，身手了得，和警长李展风（吴卓羲 饰）是好拍档。法医部、警界等因为各类案件而经常需要合作，而正是在他们的联努力下，一起起棘手的案件被侦破。布国栋和妻子周奕霏（胡定欣 饰）因为观念不和，最终以离婚收场，而他与学心的感情也与日俱增，学心童年悲惨的经历让他们把目光投向了新的案件上

吴顺（梁家辉 饰）和托水龙（曾志伟 饰）原本是从小在屋村长大的一对好兄弟，可是三十年前，保管街坊所筹善款的托水龙却在筹款夜监守自盗，从此便杳无音信。时光荏苒，三十年后当做生意破产的吴顺托家带口的回到屋村后不久，托水龙意外出现。两人一起回忆往昔，感慨万千，吴顺心中的芥蒂也随之慢慢消除。吴顺对于阿龙所述自己多年来的离奇经历，只当是讲笑话。与吴顺青梅竹马的素贞（袁咏仪 饰）也回到了屋村，旧情人相见深夜裸身独处，被顺嫂（吴君如 饰）撞个正着的引发误会。不过两人很快冰释，一家人又合好如初。托水龙发起了“屋村活化计划”，让屋村的街坊们在大型超市、商场的夹缝里看到了生存的希望。可是，就在街坊们满怀信心的参与活化计划时，阿龙再次消失，领悟集团出现并要赶走众街坊。阿龙这些年到底遭遇了什么，屋村的街坊能否度过难关，阿龙会不会再次出现，所有问题的答案将在本片的结尾一一呈现..789电影